Да, опция FTP не влияет на сканирование, у себя проверил.
Я с такой проблемой не сталкивался, может попробовать сбросить на заводские настройки или полностью переустановить софт. Если начинает глючить РИП, я не мучаюсь, сразу переустанавливаю систему, быстрее и надежнее результат.