Не знаю, правильно это или нет, но у меня так:
1. В Трудовом договоре(ТД) очень подробно описаны права и обязанности работодателя и работника. В круг обязанностей работника фактически включена и должностная инструкция (что и как он должен делать). Понятно, что договор заверен подписями сторон. В случае каких-то изменений пишется дополнение к ТД. Есть пункт и про повышение квалификации. Кстати, в этом процессе должны участвовать обе стороны.
Бывает, что люди занимаются не своим делом - куда же без этого. Главное, чтобы работодатель компенсировал работнику издержки отступления от ТД.
Примерно так.