В договоре написано - значит заплатите, в чем проблема, договор же вы подписывали, надо исполнять.
По поводу регистрации договора на нежилое помещение - в прошлом году при мне было 3 случая, когда ФНС приходила в течении 7-10 дней после подписания договора аренды проверить, реально ли сидит на данной площади арендатор.