Потому что у тебя черный был составной, т.е. намешан из всех 4х цветов. А в пдф у тебя они отдельным слоем черного цвета. Но формат тут как таковой не причем. Джипег, в смике, прекрасно поддерживает каналы и там текст тоже может быть черным. Тиф тоже самое. Только в тифе еще и слои могут присутствовать. Но в целом вероятность получить "правильный" джипег "крайне мала". А вывести пдф ку кривую надо постараться.