" ... раскладываю заготовки в стопочки. В стопке 6 штук..."
Немного не понял - вы за раз вырубаете по 6 полос? В смысле, сложили отперфорированные заготовки вместе и все разом в вырубщик? Или просто заранее разложили по 6 полос и рубите "по-стопочно" так сказать?
У меня алгоритм рубки такой - в приемный поддон укладываю отбракованную заготовку (или полосу пластика), вырублю 6-7 полос (визуально видно сверху), выну. Так 4-5 раз. Потом сортировка, вырубщик отдыхает.