Ну вообще можно и скачивать. Качаем deb-пакет и устанавливаем, как в винде. Правда при этом программа не будет обновляться.
А какие программы интересуют вообще? Я уже очень давно ничего не устанавливал в обход репозитория, это бывает нужно только если требуется определённая версия с особым спецэффектом или же если программа в репозитории безнадёжно устарела.