На законном основании штрафовать можно только через суд. И даже если вина сотрудника будет доказана, полный ущерб с него не взыскать. Даже если имеются договора о материальной ответственности. Такова уж наша россиянская действительность. Если есть такая опасность, лучше держать работника, отвечающего за контроль.
А методы 90-х годов могут обернуться бумерангом.