PitStop pro - 99% случаях лечит все это, правда файлик получится тяжелый для рипа в плане обработки, может подавится. Лучше потом делать оптимизацию Акробатом или перегнать в индизе. И пробовать пускать частями не по 1000 страниц а кусками по 200-300 страниц.