Ну уж если ТС придумал способ расчета и менеджер это не сможет понять, то менеджер недалекий. Хороший или плохой способ я не знаю, каждый сам решит. Но логику расчета понять проще простого, чего тут может быть непонятно менеджеру я не знаю. А сложные заказы как он тогда считать будет, если свой процент не сможет вычесть даже?
Тут главное перекос не делать, и, наверное, разный процент делать все же не стоит, менеджер не виноват в вашей маржинальности и ваших ценах, иначе будет продавать только то, что выгоднее ему или что еще хуже - пытаться продавать только, то что выгоднее ему. Из-за этого может вообще ничего не продаваться. Была подобная ситуация, тонкая тут грань)