Зачем все руками переносить, делается нормальная интеграция, которая через API того отчетной системы сама создает контрагентов, сама переносит всю первичку, т.е. со стороны основной программы это вообще все выглядит 1-ой кнопкой в разделе бух. документов - Отправить в отчтность.
Все.
Притом можно отправить не все, а только то что нужно.
У наших клиентов вообще нормальная практика это 3 юр. лица.
ИП, ООО с НДС и ООО на УСН. И все это ведется в нашей системе, а в 1с шлется только то что нужно по каждой своей компании.